我购买的二手房的房屋产权证的面积比实际房屋测量面积少

应该是房产证的面积来计算，你所说的房产证面积比实际面积小，开发商可能给你分摊了其它面积，如楼梯、花园等等。

按房产证的面积交，如果面积缩水，你可以请求原测量面积的单位对面积进行复测，如果真的有误差，而且误差超过了允许的误差范围，你可以要求测理单位负责，赔偿损失。