我家想买房子,但是业主原来的是一个套房(就是上下2层),现在业主想拆开卖,买其中一套,能拿到房产证么

可以买的!只不过是各自50%的份额。房产证也是可以拿到的,但是只有一本。

他这个上下两层应该再同一正上房主应先去房管局把他分成两个房子(需缴纳契税)

一套房产只能有一本证。不过还是可以买的,你可以和卖主共用一本证,上面只需写上你的相应份额就可以了。不过不建议这样做,后遗症多,但后遗症也不会影响到你的份额,就是以后分割房产和变更权利人时会比较麻烦点。