我一个朋友受人委托买一宗工业土地并收取了对方的保证金合法吗

如果是代理合同关系,是没有问题的。

土地买卖必须通过土地管理部门,前提是国有出让性质的土地,如果是集体性质的工业用地是不能对集体之外的单位出让的,另外工业用地一般不能在个人之间买卖