我父亲的平房是国有土地使用证。由于年代久远一直没换。今天去房管局被告知我平房土地性质已经自动改回集体土地性质这样合法吗?

不合法。国有土地被认定为集体土地，需要经过土地登记部门的审批才能改变性质。如果您的平房的土地性质已经自动改回集体土地性质，您可以向当地房屋管理局或者土地登记部门提出申诉，以便恢复原来的性质。