建设用地使用证与实际测量面积不符

解放后，建的土木结构房子最近到乡国土局复核测量发现与土地使用证上的土地面积不符，香菇人员解释有少部分屋瓦跌落缺损部分不计入在新开发的土地使用证上，但到南海国土局，查询电脑显示无瓦的土地面积包括在内。现想咨询相关方面的信息。