房屋大产权证过户问题

本公司从某开发商处购买一栋写字楼，最终办理一个大产权证，且房屋产权没有分割。2011年在国家叫停房屋产权分割前，办理了产权分割并在房屋管理局系统备案，2013年本公司把本栋写字楼出售给乙公司，也是过户大产证。问题出来了，过户大产证时我方只开具一张购房发票，但是如果乙公司对本楼打散售时土地增值税如何计算。