我租房子签的协议是6个月,住了三个月想退了,而仔细阅读的协议书,上面说本协议最短限期为三个月,请问

在与房东结清相关费用后,要回押金余额是没有问题的,但根据你说的情况,属于提前终止租房协议,需要向房东赔偿违约金。虽然协议中有“最短期限为三个月”的内容,但这是约定的最低房租期限的条文,而你们的协议为6个月,已大于该条规定,满足最低租期要求,实际房屋租期为6个月,是有效的。