并约定延期办证按银行利率进行赔偿,说依据海南省高级人民法院《关于商品房买卖合同纠纷案件的指导意见》第二条为依据,对吗?

一审依据海南省高院指导意见算时效可能不对。该意见可能不适用于本案实际情况,而且诉讼时效一般自权利人知道或应当知道权利受损及义务人之日起算。你可考虑上诉,提供证据证明自己知道权利受损的时间,争取让法院重新认定时效起算点和赔偿范围。