我家农村住房,第一楼有土地使用证和房产证,第二楼盖上有5年了没有办理相关证件合法有效吗?（来自香港第一楼小区）

我家农村住房,第一楼有土地使用证和房产证,第二楼盖上有5年了没有办理相关证件合法有效吗?现在城市建设要修建商品房,是否需要办理相关手续。