商品房要还清货款才能两证合一吗,现在有房产证无土地证,房产证已下来两年了

显然不是,不动产权属证书是证明你拥有某项不动产物权的证明,贷款属于债权,如果房产登记部门不出具土地证书的,除非存有抵押等土地不能过户的法定理由,否则你可以根据具体情况起诉开发商或者房屋登记部门。