开发商以顶账形式给施工方两套房,我们想买施工方手里的顶账房,施工方要求我们先和他签订购房协议,并支付

建议跟开发商签定相关商品房买卖合同。

你与施工方签订的购房协议有效。但为了顺利办理房产证，你应当尽快与施工方、开发商三方沟通协商，到房管局办理网签合同手续。