政府机构部门批建房屋算不算违建

房屋是历史房屋，是由当地政府机构部门卫生局批建给职工下属的住宅，后期卖给个人，个人作为经营门市一直使用，曾在当地土地管理所交过费用，有经营门市执照。后期当地拆迁当地政府说是违章建筑，请问这样的房屋算不算违章建筑，由于始建的年代比较久远当时没有正规房照，但是后期卖给个人的时候一直有交土地管理费用，还有经营执照