农村房屋建设中房檐反水能否构成拒付工程款理由?

农村两层建筑，合同中约定依工程进度同步验收。业主要求把房檐厚度减薄，承包者按其意思进行施工。房檐部分完工后未发现问题，事后发现房檐反水。可以依据此原因拒付工程款么？合同中约定的依据工程进度同步验收的标准是否有效？时候发现反水是否视为已经合格验收？该房屋主体建筑一共6万多，目前还有2万多未结算，能停止施工进行起诉么