购房合同中否定补充协议 协议有效吗?该协议是在合同生效前签的

我2011年9月25日将单位分的一套福利房卖出，签合同之前中介不让我与买方沟通，并且签订合同当天是中介与我单独签订，过了几天才让买方签字。因为当时我们卖价很便宜，中介将价格提高以赚取中间差价。9月25日当天中介与我签订补充协议将房款溢价部分3万多作为佣金，该协议是在主合同生效前签订的（当时只有我与中介签字，而买房者还未在合同上签字）。在购房合同（中介提供的）注明卖方（我方）不需要支付中介佣金，由买方支付1万元作为佣金，并且有这样的文字“本合同三方在谈判中的声称、理解、承诺、及协商之内容，若与本合同有不相符之处，以本合同为准，之前买卖双方任何一方与经纪方签订的协议在本合同生效时自动终止”。本来当时合同中写明“第一次接房费用及过户费用由买方承担”，中介也告诉我由买方承担第一次办产权以及以后过户所有费用。现在2013年4月该开放商通知拿钥匙。买方不认可交房时开发商代办的契税等，声称中介没给他们说要交契税等。因此产生纠纷，我当时房子本来就卖得很便宜，没理由承担，况且中介在中间得了 3万的房屋差价，在我们买卖双方之间一直采取哄骗，有问题一直推脱，非常不诚信。 请问这种情况下补充协议和合同哪个更有效？我是否必须付给中介3万多的差价作为佣金？买方不愿意承担契税（由于合同第10条写的“在本次交易之前的纠纷，税费等有卖方承担”但是合同是2011年签订的，交房时2013年，2011年是没有该房屋没有任何费用）该笔契税应该谁承担？谢谢 收起