但改建后的房屋未申领房产证,由于与共墙邻居产生纠纷他在镇政府又有关系,是不是同样可以认为我那撤房后的地基仍由我使用管理

虽然重庆有宅基地复垦后原使用者仍可使用管理的情况,但各地规定有差异。你老房改建未领房产证,不能简单类推适用。要确定撤房后地基使用权,得看当地具体政策和规定。建议收集建房相关材料,像审批文件、土地使用证明等,和邻居协商解决纠纷,若协商不成,可通过法律途径维护权益。