证据指向对方持续侵占我方土地使用权3年,是否可以分开起诉先主张后1年侵权?

不可以。您可以将案件一次性提起，要求被告赔偿3年的侵权行为。但如果双方就赔偿金额发生争议，您可以通过法庭将案件拆分成多个诉讼场次，分别主张每一年的侵权赔偿金额。