农村承包土地经营权受到违法侵害,现又有工程建设占地赔偿问题。

案件中，受害人可以向有关部门投诉，并依法提出赔偿要求。根据《中华人民共和国土地管理法》第五十七条规定，受害人可以向有关地方人民政府或其受让机构提出赔偿要求，要求其给予补偿。同时，受害人可以向地方人民法院提起诉讼，要求确认其土地承包经营权受到侵害，并要求给予补偿。