我和公公的户口不在一个户口本上,我用公公的房子开了百货店,拆迁会给我补偿吗?算商业房吗?公公是房主

一般情况下也应当给你相应的补偿。

房屋性质登记的是什么,可参考商业用房进行补偿,店面有合法营业执照的可以主张搬迁费用,停产停业损失的补偿,有装修的话装修投入的费用等合理补偿。