97年用部分支票款买军产房,现在办产权,为什么这一部分款,房产部门不认可。

我97年买了一处军产房,其中由所在单位出了一部分资,另一部分由动迁办出一部分资,还有一部分我出的资。在我出的资中,有一部分是由我以支票款形式出的。(当时我和家属做生意)为什么今天办产权,这一部分资金房产部门不认可呢?是什么原因,请劳驾你们给解答一下好吗?谢谢!