出售二手房个人所得税跟五年这一时限是以房产证时间为依据吗?

现在住宅当时买价高于房产证上价格,而且是已经住了十年了产权证才办下来,如果想出售这一房产时,在个人所得税这一顶上,是不是会有影响,是不是相当于多交一部分个人所得税啊(房产证上少于实际购房价款这一部分).另外,五年这一时间限定是以房产证上时间为依据吗?住宅已经居住了十年了,而产权证今年才办下来.请指教,多谢.