购房交首付的房款的时候签了购房协议 现在换正式合同了 但是合同中的已交款项的数额和真实的有出入

这样有什么 影响吗 协议的交房时间和正式合同的也有半年的出入 如果赔偿违约金的话 按哪个赔偿呢 正式合同签过后 协议还有法律效应吗