请问项目合同主体为子公司,现与总公司签订补充协议,是否可以?

如果和总公司签订补充协议模式,可以的,但是是为你们和总公司之间定了一个合同。

最好和之前的子公司签订的。

协议主体保持一致

如果针对原协议中确定法律关系,是不可以的,因为在法律上是两个不同的主体(母子公司)。但是,如果补充协议是一种新的法律关系可以,比如母公司对原协议中的某些条款进行担保等

可以劳动仲裁

不行,补充协议也应与子公司签订

应该与子公司签订补充协议。