土地确权的人测量了农民自己的农田面积后,报土地确权的时候比测量的面积少了让签字咨询一下不应该以测量面积为准吗?

只能是以实测为准,如果你有重新测量差别确实很大,可以找村组干部去验证再由他们替你向土地部门反映你的要求(包括你说的什么机动地)。