购房合同备案后办理产权前处置房产协议的效力

两人(非婚姻关系)购买一套商品房,购房合同写两个人名字已经在房管局备案,后双方签订协议约定房产为乙方所有,但之后办产权时由于备案不能更改,仍然办的两个人的名字,请问这个会推翻双反签订的协议吗