合作建房合同、负责报建一切合法手续合作建房、导致超面积违建……现应怎么处理

合作建房合同、因当时签约时是乙方出资、负责报建一切合法手续合作建房、甲方出地、进行的、竣工日、乙方未能办理完整手续报建施工、扩建、导致超面积违建……现应怎么处理