我家的农业耕地出租给了别人盖了厂房,村里也正在搞土地确权,国家规定的!请问这是合法的吗

我家的农业耕地出租给了别人盖了厂房,现在合同到期了,村里也正在搞土地确权,说我们的地因为有建筑物不能确权,国家规定的!请问这是合法的吗