今年我们买了一套三层楼的商铺,那根据今年的物权法,

房子本身是永久产权,不存在期限的问题。您所说的40年指的是房子所在土地的国有土地使用权年限。根据目前的初步规定,40年后续交一定的土地出让金或者税费,是可以继续拥有商铺的,具体标准要看届时的规定。其实作为商铺来讲,更多要考虑的是如何在这40年里收回投资、获得超额的收益,而不是40年后如何处理。原则上40年后也会依法保护你的产权。