买二手房办不了不动产证怎么办?

我从别人手中买一套二手房,到土管局进行土地使用进行测绘时,被告知房屋与土地使用面积不符,整幢楼房现有使用土地大于土地证面积。最后和房东商议,签订房屋转让协议,经公证处公证,不在办理房产证。这样做可靠吗?怎样做才可靠?怎样做才能避免以后纠纷?