我买了亲戚的一套自建房,这个房只有一个房产证,而我买的三楼,是不是可以保护我的财产利益呢?

律师你好!我买了亲戚的一套自建房,这个房只有一个房产证,而我买的三楼,只有一份协议,我如果拿着这份协议去公证处公证,是不是可以保护我的财产利益呢