房产公证没有及时办理房产证、土地证,现在可否补办?急等。

律师,您好;我们在2003年从父母处公证了一部分房产,现在面临拆迁,拆迁办不承认我们的房产,理由是没有土地证。请问2016年南京两证合一,是他们故意为难我们吗?又如果现在办理两证,会面临什么难处?请指教。感谢!