办理房屋产权证交契税按面积算还是按房屋总价交

我买了一套二层商业房总价30万,面积90平米,可最近开发商在办理房产证时说,交契税按照房价总数的3%交,并且二楼不办房产证,也就是说,房产证上的房屋面积只有一楼的面积,请问应该怎么处理。