请问：土地证过户问题

请问:我前不久在荆门城区买了一处民房,房产土地证齐全,房产证已办理过户,土地证办理过户时土地局说原房产证土地面积和实际土地面积有出入,实际面积多出几个平方,因把院子改作楼梯间了,说土地证过户不好办,有这一说法吗?我该怎么办?买房协议时注明卖家包过户的