我也是在自家的耕地上建了个养殖场,我有养殖营业执照,今年政府就来给我强拆了,说我违建,请问算违建吗,

耕地和畜牧是两回事，专地专用

这是违建的

证件不齐全不等于违建，违建的认定需要经过严格的法律程序并由法定主体进行，拆迁方没有这个权利。政府的行为属于违法行为，您可以提起行政诉讼。