如何做这个会计分录？

因为用银行存款偿还应付账款,银行存款就是会减少,应付账款也会减少,银行存款属资产类账户,贷方表示减少,而应付账款属负债类账户,借方表示减少,所以应该是借:应付账款 5万 贷:银行存款 5万你那个分录借贷方科目刚好反了.

借:应付账款 5万 贷:银行存款 5万

借:应付帐款5万贷:银行存款5万

因为银行存款是资产类账户，资产类账户减少记贷方，你的银行存款减少了要记贷方，应付账款是负债类账户，负债类账户的减少要记借方。