房产证与产权协议书

我与朋友各出资50%,合伙买了一套门面房。由于一些特殊的原因目前无法将我的名字写入房产证,但我们签订了一个产权协议书,说明购房及产权的分配。请问如果以后出现产权纠纷时,是以房产证上记录的情况为准还是以我们签订的产权协议书为准?如果之后我要将名字加入到产权证上是否还需要缴纳一定的税费?