在南通有两套房,在南京买房(南京户口)是第三套房吗,可以用公积金贷款吗

本省的话，算是三套了。但如果你第一套是在95年之前买的话，没有贷过款，并且已经过户到其他人名下，应该还是可以算二套。

不是的，限购令是指当地购房不得超过两套，超过两套就限购了，可以重新在外地买，但是如果有过贷款记录，首付就要付六成的。

南京和南通的建委系统没有实现联网，所以您在南京购房的话算是首套，但是您如果之前有过一次贷款，现在再次购房贷款算是二套；如果之前有过两次贷款记录，现在就不能够再次办理贷款。