兄弟房产问题

您好。我父亲在老家有祖屋，由于一直在外，平时由我父亲的哥哥使用。前年，当地开始申领土地证和房产证，我伯伯将我家的房屋一并申领在他的名下，虽后来在我父亲的要求下写了一份简单的“房屋产权协议”（说明一部分房产属于我父亲），但我觉得还不太放心。请问，如保持现状，后续在拆迁等方面是否会有问题；是否要提出单独申领房产、土地证？