宅基地的面积如何计算?

我们这边建房一般都建有东西配房，请问宅基地的面积是按当年建的房屋计算面积吗？如果只有北屋的话，垒起来的院子算不算面积？但是土地使用证上都写有四个边界，如果按四至边界算的话又比土地证上写的面积大？该以哪个为准呢？