未取得施工许可证已经建成的房屋如何处理

在城市规划区建了一栋1000多平米的楼房，当时办理了规划手续和人防手续，没有办理施工许可证，现在已经建成，没有竣工验收备案，现在无法办理房产证，已经检测机构认证工程无结构质量安全隐患。请问建设行政主管部门该如何处理？怎样才能最终办理房产证？