我与房东签了租房协议办理证照时又签了深圳市房屋租赁合同，如发生纠纷是以房东协议为准还是租赁合同为准？

两个都有效，要看纠纷内容，谁的证据多就可以赢得纠纷，关键要按时交租金，即使合同到期有和业主交钱，业主同意，这种叫事实合同。