房屋产权转移办理问题

个人向某公司购买商铺，但是公司只给了一个公司的房产证分本，房屋所有权属于该公司，现在想要办一个个人的房产证，也就是从公司的大本中分割出属于个人的一部分将该商铺的房屋所有权由公司转换成个人的，应该如何与该公司协商处理？