农用地承包经营权确权之后,若流转双方因当初流转契约不完备而出现纠纷,当前政策体系最终保护谁的利益?

一个有承包权，一个交租之后有经营权，如果因为当时流转契约不完备而出现利益分配等方面的纠纷，当前的法律和政策体系会偏向于谁？我知道现实中出现纠纷首先第三方会调解，但所谓和解也是纠纷双方不同程度让步达成的，那么问题正规和非正规的制度体系会更照顾哪一方？有时调解无法达成，如果进入司法，正规制度就要做一个明确的裁定了。