你好,房屋夫妻共有,土地使用权归一方,另一方申请变更了房屋用途且合二证为一证即不动产权证,合法吗

这种情况可能不合法，因为不动产权证书应当遵循原有的登记状况，若是一方不同意变更，则不能变更。因此，建议您在变更前，应当先征求另一方的同意，方可进行变更。