违建的房屋办理了产权证,房管局属于违法吗?

我的是二手房在房管局过户以后，去土管局办理土地使用证，却被告之该房屋属于违章建筑，当年的土地使用证只批了一层的使用权，二楼以上都属于违章建筑。既然是违章建筑房管局可以办理房产证吗？房管局违法吗？我这样的情况还有方法办理土地使用证吗？