农村房子有房产证了城里买商品房算是二套房吗

我是山东临沂的，户口在农村里，在县城里工作，农村有房子，最近县里搞农村产权制度确权，要给农村房屋发房产证，我想知道要是农村的住宅发了房产证，那我以后城里买房子贷款是不是算二套房了，公积金还能用吗？请专家解答下了，谢谢。