我家在农村,有三间房,拆了一间,土地有房产证和土地使用证,政府有权利收回房子主权吗?

这个你放心、即便你的户口不在当地 政府也不能收回的、如果收回就需要 补偿你的、 有房补房、有房补钱、 建议如果以后拆迁、就房补房