起诉公厕不交水费,我们是物业管理,每月都为公厕垫付水费,但由于公厕说我们计费过高

因当初在建设的时候，把公厕的水表接入了商业总表，我们已经为其垫付了商业水费的单价计算标准，现在人家公司的养护单元不愿意缴纳，我司打算起诉，请问我们起诉，是民事诉讼吗，被告需要把管理单元(即政府部门)纳入进去吗? 我司能否以商业水费的单价标准去追讨回公厕所欠的水费吗?