当时购买房子时所有材料和协议上都是父亲和儿子两人的名字,目前房产证和土地证还未办理

如果是二手房产,无所谓,改儿子的就改儿子的,如在开发商那里买的一手房产,只要签订了购房合同,并备案了就没法更改了,只有等到房产证下来再说了,去名字视为转让自己那份房产即交易,交易就需要交纳契税的。