如果乙方在房屋院内盖房或增添无法转移的设施等，怕遇到房屋动迁时出现纠葛，协议该怎么写？

从你摘抄的协议看不出只有翻建了才能要回房子。 这份协议表面上看是买卖协议，而农村宅基地是不允许买卖 甲乙之间签订的买卖协议实质上就是上述所说的“以合法形式掩盖非法目的”。 所以，协议无效。