16年道路拆迁的动迁房至今不能办理房产证,项目主体上海浦东建设公司,我能起诉吗?

可以起诉。首先,法院不能主动审查诉讼时效,即立案时,法院不能以超过了诉讼时效为由不予受理。其次,你的诉讼请求可以是要求返还房屋,这没有诉讼时效的限制。